大堂东西两庑各有十五间“六科房”，简称“六科”；“六科”按照“左文右武”的礼制建造。东庑是“吏、户、礼”科，有同知分管；西庑是“兵、刑、工”科，由通判分管；清代中期以后，“六科”不再各设专吏官理，而分别由经历、照磨统辖办理了，但涉及上峰“六部”的有关文札、档案、账目、实物等；仍按“六科”分别存放保存。
“吏科”职责是：记录整理本府历任官吏的*绩和在任大事件，及时呈报上峰。同时调查登记在籍进士、举人、贡生等有功名者的家庭出身，品端德行，学识造诣等基本情况，上报上级，逐级转道吏部，以使吏部对他们考核、叙用、候铨、候补等，为朝廷网罗人才，都列入视野，并承办捐纳官衔、实缺封荫等具体事物务。
“户科”职责是：负责本府的耕地，人口稽查统计分配和征收田赋丁银，按上司的指令把征解部分送到制定地点，存留部分移交府衙大门内之东侧的“钱粮房”，由同知管理，知府支配。并检查府仓（如东新仓、积毂仓等）府直粮仓的存放，保管和调出。巡查各里各村的社仓、义仓储粮。保证*粮、赈粮，府衙用粮的顺利调用和购买，当然办理赈灾等有关事宜也是归户科管理。
“礼科”职责是：主管淮安全府的礼制、庆典、科举等方面事宜；如主持“府学”、“县学”、“府城隍庙”、“县城隍庙”、“风神雷雨山川坛”等官祀活动。组织“迎春”、“神牛”常规礼仪，组织安排“府试”、“县试”。因为是府县同城缘故。当然“礼科”的职责范围还涉及组织生员赴省城“乡试”，安排贫困生员的生活资助等。派员为得中“进士”、“举人”、“秀才”的家庭送喜报，组织公车赴“会试”的举人送行的礼仪，并经常张榜告示以端正礼制，倡导社会风气“进士”、“举人”“义士”、“孝廉”、“烈女”、“节妇”等申报树立“牌坊”或者“碑铭”，以彰优劣等。
“兵科”职责是：负责申报监督打造兵器。并负责“武备库”保管任务。一旦国内*局不稳或出现动乱，府衙奉命团练，加强城池防守，加紧各主要道口盘查，调用编练壮丁等都是“兵科”份内事务。组织武生员的考试、演练、评判、录取等也由“兵科”承办，“礼科”出榜行文。
“刑科”其主要职责有五项：
1.负责知府审案时记口供笔录，整理保管卷宗档案，为知府查找国家律典中适合条款。
2.管理各个监狱。包括重狱、轻狱、女狱、监造保管刑具、戒具。
3.办理重刑案件以及复审的人犯，卷宗的上解、交割。
4.随时向民间公布朝廷诏示有关律令、法规、晓喻众生。
5.组织医学值事人，为人犯诊断，核实伤病情况，组织法医验尸取证。但是府衙的快手、捕快等均由知府直接管理。稽捕人犯，查抄民宅，据传一干人等，要以知府令签行事，刑科无权擅自行事。
“工科”职责是：维修衙署、城池、官祀坛庙、官立牌坊及重大水利，桥梁、关隘工程；承办官银元宝浇铸，打造兵器、刑具；带领民众解送上交钱粮物品等，派员带领服劳役的民工开赴朝廷制定的重大工程工地。
以上就是淮安府衙“六科”的具体职能情况。
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